Am Sonntag nach St. Michaelstag (4. Oktober) unterschrieb Paul Jakob von Starhemberg 1546 noch das neue „Urbar-Puech“ der Herrschaft Rappottenstein, verkaufte aber noch im selben Jahr die Herrschaft, „zu welcher damals auch die Güter Groß Pertholz, Reichenau, Weißenbach, Rottenbach, Marbach, Kerbach, Langschlag, Gerungs, Traunstein und Anschau gehörten, um 85.000 fl. und 600 fl. Aufgebot-, Rüst- und Schlüsselgeld an die Herren von Landau“. Die Landauer, nunmehr neue Besitzer, waren protestantisch. Sie stammten aus Schwaben und waren mit den Herzögen von Württemberg und Teck verwandt. Daher führten sie – wie diese – drei quer übereinander liegende Hirschgeweihe im Wappen. Sie erhielten 1564 das Prädikat „Freiherren zum Hauss und Rappottenstein“. Im Jahre 1578 starben Hanns und Christoph von Landau, weshalb eine Neuverteilung des Besitzes unter den noch lebenden Geschwistern vorgenommen wurde.
Von 1578-1598 scheint Achaz von Landau als Alleininhaber der Herrschaft Rappottenstein auf. In seine lange Regierungszeit fällt auch der Ausbruch des Waldviertler Bauernaufstandes: Zu Beginn des Jahres 1597 verbreitete sich das Gerücht, die kaiserlichen Reiter hätten die Bauern in Rappottenstein, Ottenschlag, Zwettl und Pöggstall fürchterlich misshandelt und vielen von ihnen die Finger und auch die Nase abgeschnitten. Als gar noch behauptet wurde, zu Ottenschlag hätten die Kaiserlichen schon einen Metzen Ohren und Nasen beisammen, gerieten die Bauern begreiflicherweise in ungeheure Aufregung. Schon am 25. und 26. März 1597 erschienen auch Bauern aus Rappottenstein auf der Versammlung der Aufständischen zu Münichreith am Ostrong und baten um Hilfe gegen die Reiter, von denen sie übel behandelt würden. Da ihnen von dort Hilfe zugesagt wurde, erhoben sich die Bewohner im Markt Rappottenstein und auch alle anderen Untertanen des Achaz von Landau gegen ihren Herren, die Zehentholden des Pfarrers aber gegen diesen.
Als Sammelpunkt wählten die Bauern Grafenschlag. Hauptanführer waren Andrä Schremser aus Dobersberg und Martin Schmied aus Ritterkamp. Schmied und Schremser befahlen den 30.000 Bauern, sich außerhalb von Grafenschlag in einem Ring aufzustellen. Die Bauern waren von dem Rebell Auperger (einem aus Gschwendt stammenden Untertanen des Stiftes Zwettl) dazu gezwungen worden, nach Grafenschlag zu gehen. Bei Weigerung drohte man mit dem Kopfabschlagen. In den Beschwerdeschriften, welche die Bauern überreichten, heißt es u.a.: „Zum dritten wöllen wierr dy khirchen zu Behendorff alle Surtag und feirtag lesungen haben und alle alte gerechtigkhait und zehet witer darzue wie es von alten war“. Ferner begehrten sie, „daß der Zehet und andere grünt and alte Zuegeherung wie es von altem heristkhume dar bey pleib“.
Die Pehendorfer Bauern verlangen hier also, dass „Gründe, Zehent und Zugehörung“ bei der Kapelle in Pehendorf, „wie es von altem war“, bleiben sollten. Es gibt aber nirgends einen Beweis dafür, dass die Kapelle jemals mit Gründen usw. bestiftet war. Die vorgebrachten Beschwerden veranlassten Kaiser Rudolf II., Abt Ulrich von Zwettl und Achaz von Landau (!) mit einer Untersuchung der Angelegenheit zu betrauen. Dass gerade diese beiden Männer, gegen die sich ja die Beschwerden richteten, mit einer „Untersuchung“ beauftragt wurden, wirft wohl ein bezeichnendes Licht darauf, was man damals unter „Recht“ verstand. Es lässt sich nun auch leicht vorstellen, zu welchen Ergebnissen diese Untersuchung kam.
Die Bauern, mit der Art und Weise, wie man auf ihre Bitten reagierte, ganz und gar nicht einverstanden, zogen gegen Ottenschlag und eroberten 1597, ungefähr 5.000 Mann stark, den Ort. Martin Schmied, der Anführer des Kampfes gegen Rappottenstein, wurde, nachdem die Erhebung gescheitert war, zusammen mit Auperger, der die gegen das Stift Zwettl gerichteten Unternehmungen geleitet hatte, auf der „Jungfernwiese“ bei Zwettl öffentlich hingerichtet. Die Aufregungen des Bauernaufstandes dürften Achaz von Landau dazu bewogen haben, sich noch 1598 nach Wien zurückzuziehen, nachdem er vorher seine Söhne Hartmann, Ehrenreich, Hanns, Christoph, Gottfried und Maximilian mit Rappottenstein belehnen ließ. Die Genannten teilten sich den Besitz der Herrschaft von 1598 bis 1608. Als Achaz 1602 in Wien starb, brachte man seinen Leichnam nach Rappottenstein und setzte ihn in der Familiengruft neben dem seines gefallenen Sohnes bei. Ab 1608 dürfte Ehrenreich von Landau, der 1622 starb, Rappottenstein alleine besessen haben. Er heiratete am 5.10.1608 Rosina Freiin von Aspan, deren Wappen 1650 in das Landau’sche aufgenommen wurde, und verbrachte den größten Teil seines Lebens auf der Burg Rappottenstein. Unter ihm wurde 1613 im Markt Rapottenstein ein Pranger aufgestellt, der noch heute den Marktplatz ziert.
Auch Ehrenreich war ein eifriger Protestant. 1619 erschienen, wie schon so oft, wieder einmal die Böhmen im Waldviertel. Auf der Burg befand sich gerade eine starke Besatzung der empörten oberösterreichischen Stände. Obwohl diese Truppen von den Ständen besoldet wurden, brachte ihre Anwesenheit dennoch großes Leid über Rappottenstein: Die belgischen Hilfstruppen nämlich, die zu Beginn des 30-jährigen Krieges von Erzherzog Albrecht, 1595 bis 1681 Generalstatthalter der Niederlande, nach Österreich entsandt wurden, hausten hier wie in Feindesland, als sie hörten, der Burgherr halte es mit den Empörern. Die Burg selber konnten sie jedoch nicht erobern. Weil sie die verlangte Brandschatzung von 3.000 fl. nicht bekamen, hielten sie sich an den Untertanen des Landauers schadlos und brannten die dem Landauer gehörigen Ortschaften Groß Gerungs und Langschlag nieder. 1624 belehnte Kaiser Ferdinand II. Georg Hanns, Heinrich, Johann Christoph und Maximilian Elisäus von Landau mit Schloss und Markt Rappottenstein, Traunstein, dem öden Burgstall Antschau und Zugehörung.
Da nach dem Restiutionsedikt von 1629 die protestantischen Prediger und Pfarrer entfernt werden mussten, sahen sich die nach wie vor lutherischen Landauer gezwungen, auch in Rappottenstein einen Wechsel in der Person des Pfarrers vorzunehmen. Hierher kam der noch immer sehr zweideutige Johann Ludwig Spreitzer, der sich vielfach verdächtig machte. Sehr eifrig betrieben aber die Landauer in ihrem Herrschaftsbereich die Gegenreformation nicht; denn die Reformations-Kommission, die damals die Pfarren visitierte, weiß zu berichten, dass der Pfarrer von Rappottenstein angab, dass „vor wenig Wochen ein Prädicant soll herumgezogen (sein) und in seiner Pfarr zu Schoffgergh (Schafberg) und Bernschlag heimlicher Weise etliche Pfarrkinder gespeiset habe“. An die protestantische Zeit der Pfarrkirche in Rappottenstein erinnert noch heute ein großes Wandgemälde an der Stirnwand des Triumphbogens, das u.a. auch die Communio sub utraque specie darstellt.
Aus dem Jahre 1637 gibt es eine Originalurkunde mit drei anhängenden Siegeln, die bei der Gemeinde Rappottenstein aufbewahrt wird. Als Zeugen scheinen die letzten Landauer, also Georg Wilhelm, Hanns Dietrich und Heinrich Gundacker auf. (Die Übersetzung dieses Pergaments findet sich in der Rubrik SchulTasche „Urkunden“!) 1643 sagte Pfarrer Johann Pregelius von Gmünd im Visitationsbericht des Dekanates „vor dem Böhmerwalde“, dass von den 700 Pfarrkindern Rappottensteins nur 30 katholisch seien, die anderen aber alle ketzerisch. Die 1645 als Verbündete der Protestanten in Österreich einrückenden Schweden belagerten auch die Burg Rappottenstein, in der eine kaiserliche Besatzung unter dem Freiherrn von Tobl und später unter Oberstleutnant Harrant sich mit großer Tapferkeit zur Wehr setzte. An diese schwere Zeit erinnern auch noch die im Süden der Burg deutlich erkennbaren Schanzgräben. Es ist nicht geklärt, ob sie von den Kaiserlichen oder von den Schweden aufgeworfen wurden. Ihr Hauptlager, so nimmt man an, hatten die Belagerer auf der Anhöhe am linken Kampufer errichtet. Sie vermochten zwar einen Teil des Burgdaches in Brand zu setzen, die Eroberung der Burg gelang ihnen jedoch nicht.
Nach monatelanger vergeblicher Belagerung suchte daher im März 1645 der schwedische Distrikts-Kommandant Konrad von Mosberg, durch Drohungen zum Ziele zu gelangen. Sein Schreiben, die Besatzung möge sich durch eine Geldsumme von der Belagerung loskaufen, fand bei den in der sicheren Burg befindlichen Kaiserlichen jedoch nur taube Ohren. Trotzdem forderten diese kriegerischen Ereignisse ihre Opfer, zu denen auch einer der Burgherren gehörte: Am 11.4.1645 kam nämlich Heinrich Gundacker von Landau durch einen tragischen Unfall ums Leben. Er hantierte unvorsichtig mit seinem Gewehr, dabei verfing sich ein Band seines Kleides am Hahn, der sich lösende Schuss tötete den Landauer.
Da die Schweden nicht in der Lage waren, die Burg zu erobern, wurden – wieder einmal – der Markt und seine Umgebung geplündert. Dazu kam, dass die sehr zahlreiche Burgbesatzung bald unter großer Lebensmittelknappheit litt, weshalb auch die Kaiserlichen Beutezüge in die Umgebung unternahmen. Ihr Verhalten unterschied sich dabei in keiner Weise von dem der Schweden. Aus dieser schrecklichen Zeit wird u.a. berichtet, dass Bruno Steinhagen, ein Capitänleutnant der kaiserlichen Dragoner auf Rappottenstein, von der Herrschaft Ottenstein eine Rechtfertigung wegen der nicht gelieferten monatlichen Kontribution verlangte. Zugleich sandte er eine Abteilung seiner Soldaten mit dem Befehl aus, den Bauern der Herrschaft Ottenstein das Vieh wegzunehmen, bis die Kontribution bezahlt würde. Ferner ordnete er an, alle Ottensteiner als Rebellen zu behandeln, da sie wohl dem Feinde, nicht aber den Kaiserlichen gegenüber ihren Verpflichtungen nachgekommen seien. Der Kommandant von Ottenstein konnte aber einen Freibrief des Kaisers vorweisen, weshalb die Rappottensteiner wieder unverrichteter Dinge abziehen mussten. Weil der Heimweg nun schon einmal über Zwettl führte, nahmen sie den Bewohnern dieser Stadt Weizen, Korn und Wein mit Gewalt weg. Den Stiftskeller z.B. erleichterten sie gleich um 700 Eimer Wein.
Freiherr von Tobl suchte mit den Besatzungen von Weitra und Waidhofen an der Thaya in Verbindung zu treten, da diese beiden Orte, gleich Rappottenstein, den schwedischen Eindringlingen erfolgreichen Widerstand zu leisten vermochten. Er hielt diese Aufgabe für so wichtig, dass er keinen Kurier damit betrauen wollte, sondern selbst den gefahrvollen Weg antrat. Da aber am 13.4.1645 an seine Stelle als Befehlshaber der Truppen in Rappottenstein der Oberstleutnant Christoph Wilhelm Harrant trat, ist anzunehmen, dass Tobl in Feindeshand fiel. Der neue Befehlshaber war ein rauher Mann, den der lange Krieg sichtlich schon verdorben hatte. Eine seiner ersten Taten war, dass er dem Stifte Zwettl nicht nur Lebensmittel, sondern auch den gesamten Inhalt der Rüstkammer raubte. Sämtliche Waffen wurden nach Rappottenstein entführt. Harrant ließ die Burgbefestigungen ausbessern bzw. erneuern und verwendete für diese Arbeiten nicht weniger als 6.000 (!!) Arbeiter.
In einer noch vorhandenen Urkunde heißt es: „Ich fand den Ort zwar übel verwahrt und accomadirt“, ferner „eine höchst schädliche schanz über den schlos“. Harrant ließ „selbige aber nit allein reformirn und abtragen, sondern auch außer schlos den Zwinger mit spanischen reuttern und schrankhen herum bevestigen, bey dem thor und stückhen, casten, pruckhen, dann reverendo 6 neue rosstal, zumalen gar keine vorhanden gewesen, machen und 6 alte, auch die ziechpruckhen ausbessern, etliches gemäuer mit grossen bäumen einfangen und erdreich anschütten, auch erhöhen, sowol neue wachtheusl zuerichten, item die Fenster vermachen und vil örter zur wohnung, dannbey den ziechpruckhen die fahlen, auch außerhalb schlos den zwinger ausmauern und raumen lassen, in summa an unterschiedlichen posten allerhand nothwendige gebeu fürgekehrt, darzu nach und nach auf die 6000 Arbeiter, jeden 2 Pfund und in die 24 wochen, acht zimmerleut und 2 monat ain … halten, denen 6 Pfund brod, namentlich … von dem Herren von Landau geben warden in Korn 10 Mut 28,5 metzen dazu Holzstämme 320, Zimmerleutlohn á 15 kr. täglich, 288 fl., Maurer 12 fl.“
Die Befestigung bewährte sich noch in manchem Strauß mit den Schweden, doch herrschte auch innerhalb der Burgmauern keinesfalls Friede, da zwischen dem Befehlshaber Harrant und den Landauern kein gutes Einvernehmen bestand. Schließlich ersuchte Georg Wilhelm von Landau sogar den Kaiser, er möge Harrant und seine Soldaten aus dem Schloss nehmen. Der Kaiser schickte den Generalkommissarius Wenzel Freiherrn von Zaradeck, der den Abzug Harrants veranlassen und 18-20 Musketiere mit einem Offizier nach Rappottenstein verlegen sollte. Obwohl bereits im Juli 1646 Hauptmann Jakob Kevanach als Kommandant genannt wird, beklagt sich noch am 29.11.1646 Landau, dass er noch immer die Garnison habe. Harrant hatte sich also mit dem Abzug Zeit gelassen. Nicht durch unmittelbare Feindeinwirkung, wohl aber doch wegen der großen während der Belagerung ausgestandenen Strapazen, starb 1645 Hanns Dietrich von Landau, sodass ab 1646 der letzte der drei Brüder, Georg Wilhelm von Landau, Alleininhaber des Gutes war. Er beschreibt 1664 die Burg: „Erstlichen das Schloss, so auf einem harten felsen ligendt in khriegsgefahren vor einem anlauf wohl verwahrt, darinnen ein Capelln, ailff stuben, acht cammer und siben gewölber, auch gelegenheit, mehrers stuben und cämmer zuzurichten, fünf weinkheller, deren drei in felsen eingehauet, vier cisternen, stalung auf 50 ross, ein wol erbautes preuhauss, darunter ein schöner kheller, siben schöne und große traidcasten und noch viel mehrers gemäch, dann eine rüstcamer samt dem vorhandenen geschütz, mit 6 Thoren, auch drey aufziehpruckhen samt dem oeden purckchstall Antschaw, alles landesfürstliches Lehen.“ In dem hier geschilderten Zustand mag sich auch die Burg am Ende des 30-jährigen Krieges befunden haben.
Am 13. April 1645 scheint Christoph Wilhelm Harrant auf Balschütz und Westschütz, kk. Obristlieutenant, als Kommandant auf. Georg Wilhelm von Landau war, als er die Einquartierung erhielt, abwesend. Er wendete sich wegen der Ausschreitungen (der Besatzung) an den Generalissimus der Armee, Erzherzog Leopold Wilhelm, Harrant wegzunehmen, da die Umgebung so ruiniert sei, dass man den Leuten auch kein Vieh mehr wegnehmen könne. Harrant verlangte Futter für 100 Pferde und sagte selber, dass, wenn der Feind das Schloss ein paar Tage attackiere, Wassermangel eintreten werde und er die Pferde vor das Schloss jagen müsse. Auch Hans Caspar von Lindeck, kaiserlicher Oberkommissär, berichtete an den Kaiser, dass die Garnison schon ein halbes Jahr in Rappottenstein liege und die Gegend erschöpft sei. Den Herrschaften sei schon die Hälfte der Untertanen davongegangen, Harrant „pariere“ nicht. Eine so starke Garnison sei in dieser Gegend nicht länger zu halten.
Nun wandte sich Landau direkt an den Kaiser und klagte, dass der Kommandant sich allerlei „Insolvenzen“ gegen ihn erlaube und ihn und die Seinen schon öfters bedroht habe. Ferner, so sagte Landau, werde er bald am Bettelstab sein. Er bat daher den Kaiser, dem Kommandanten aufzutragen, dass er sich beim Abzug jeder Gewalttat zu enthalten habe. Die Bitte blieb aber ohne Erfolg. Landau wandte sich nun neuerlich an Erzherzog Wilhelm und verpflichtete sich, die Burg selbst zu verteidigen, man möge ihm nur 15-20 Mann Musketiere geben.
Endlich, Ende Dezember 1645, zog Harrant ab. Landau befürchtete Ausschreitungen und entfernte sich schon vorher. Die „Gäste“ legten Feuer an die Burg, das nur mit Mühe gelöscht werden konnte. Der entstandene Schaden belief sich auf 500 fr. Einen Maierhof und Wirtschaftsgebäude hatten sie „totaliter abgetragen und verwüstet“. Für Harrants Soldaten wurden aufgewendet: 6 Muth Weizen, 166 Eimer Wein, 40 Zentner Fleisch etc.
Nach Harrants Abzug kamen 40 Soldaten auf die Burg; in die Orte Groß Gerungs und Traunstein kamen außerdem zwei Kompanien, deren Verpflegung große Kosten verursachte. Im Frühjahr 1646 zogen fortwährend Truppen durch Rappottenstein. Jeder siebte Mann wurde ausgehoben. Die Herrschaftsbesitzer waren verpflichtet, den Mann zu stellen. Landau klagte seinem Vetter, dem Generalfeldzeugmeister Hans Christoph von Puchaim, dass ihm, als er die Leute ausheben wollte, an 20 Häuser verödeten, da die Männer entwichen. Er fürchte, die Leute, die er gefesselt stellen wolle, werden wieder entlaufen. Trotz aller Klagen Landaus wurde die Besatzung aber noch vermehrt, sodass Landau erklärte, er könne nichts mehr bezahlen. Außerdem liege sein Schloss so abseits, dass die Anwesenheit einer ständigen Besatzung nicht gerechtfertigt sei. Endlich, Ende Dezember 1646, zog der Hauptmann Kevenach mit der Besatzung ab. Georg Wilhelm – ständig zwischen Protestantismus und Katholizismus schwankend – behielt den Besitz noch 18 Jahre. Schließlich verkaufte er ihn 1664 an den Reichsgrafen Ernst Abensperg und Traun, dessen Nachkommen ihn noch heute inne haben.